Форумы Modlabs.net: [TSC!] FAQ по Folding@Home (обновлён: 28.06.09) - Форумы Modlabs.net

Перейти к содержимому

Страница 1 из 1
  • Вы не можете создать новую тему
  • Тема закрыта

[TSC!] FAQ по Folding@Home (обновлён: 28.06.09)

#1 Пользователь офлайн   Behc 

  • Member
  • PipPipPip
  • Группа: Team_MXS
  • Сообщений: 195
  • Регистрация: 01 декабря 07

Отправлено 14 февраля 2011 - 21:06

FAQ по проекту распределенных вычислений Folding@Home
Последняя версия от 28.06.2009 - удален п.20, 21; изменен п.22

Общие вопросы:

1)Что такое Folding@Home?
F@H - научный проект распределенных вычислений, в котором участвует команда TSC! Russia. Подробнее об общих терминах читайте в Общем FAQ

2)Что конкретно изучает проект?
Изучает свойства белков (нарушения в процессе их формирования), которые вызывают некоторые заболевания. Исследования проводятся путём виртуального моделирования возникновения (сворачивания, или фолдинга) этих белков. Если удастся понять природу этих нарушений, возможно и успешно бороться с вызываемыми ими заболеваниями.

3)Каким образом работает клиент?
Клиентское ПО забирает с одного из многочисленных серверов Folding@Home данные о белках (и, поначалу, для каждого нового типа задания скачивает счётный модуль - ядро), проводит на компьютере пользователя моделирование фолдинга (от нескольких десятков минут до нескольких суток и более) и отправляет результаты обратно на сервер.

Плюсы по сравнению с другими проектами:
- высокая научная ценность;
- открытость результатов + реальные результаты;
- возможность считать в оффлайне (правда, руководство проекта не рекомендует использовать большой кэш, есть задания с короткими дедлайнами, особенно для современных типов клиентов - многопроцессорного и GPU-клиентов);
- клиенты под несколько наиболее популярных ОС;
- поддержка вычислений на PS3, видеокартах Radeon 2xxx и более новых, GeForce 8xxx и более новых;
- можно регулировать нагрузку на процессор;
- достойные и сильные соперники;
- наличие консольного клиента с возможностью работы в качестве службы (сервиса), повышающей стабильность работы и незаметность клиента;
- различный объём занимаемой оперативной памяти в зависимости от настроек и типа клиентского ПО;
- регулируемый настройками траффик;
- прекрасно делит процессор с другими проектами РВ.

Загрузка и установка:

4)Где можно скачать клиент - я хочу присоединиться
Домашний сайт проекта: http://folding.stanf...du/Russian/Main
Раздел Downloads сайта: http://folding.stanf...ussian/Download
Раздел Downloads высокопроизводительных клиентов под Windows: http://folding.stanf...ownloadWinOther

Подробнее о дополнительных программах читайте в конце FAQ.

5)Размер ПО?
Могу сказать, что консольная версия легче графической, что естественно. К примеру, консольная версия для CPU под Windows занимает всего 248 kb. Так что если вы бережете трафик, подумайте об этом.
Однако при работе клиент будет изредка скачивать расчётные ядра, хотя и в сжатом виде, они весят ощутимо больше самого клиента. В этом плане удобны "специальные" клиенты SMP, GPU, которые имеют всего 1 ядро, но зато на заданиях для них трафик сэкономить трудно.

Настройка консольного клиента для Windows
Советую прочитать материал по адресу: http://tsc.overclock...tupwindows.html - там имеется более современная версия изложенного ниже.

6)К вопросу о выборе между консолью и графикой (при расчётах на CPU)
К преимуществам консольной(текстовой) версии можно отнести возможность запуска нескольких (установленных в разных каталогах) копий одновременно, причем каждую можно запустить со своими настройками.
Принципиальной разницы между графической и консольной нет. Дело в том, что все научные вычисления проводит специальный модуль — так называемое "ядро", которое в обоих клиентах одинаково. Клиент служит лишь "связующим звеном" между ядром и пользователем: получает от сервера задания и отправляет результаты, а также скачивает новые версии ядра.

Если вы решили выбрать консольную версию, для упрощения её настройки можно использовать программу ConFold, а для 3D-просмотра обрабатываемых молекул — программу FoldinGL.

7)Краткая последовательность действий
1. Создайте папку с удобным названием (например, таким, которое проще потом ввести вручную - путь и имя папки покороче, или наоборот, спрячьте папку глубже в недра файловой структуры).
2. Скопируйте FAH***-Console.exe в папку, запустите. В окне консоли вам зададут вопросы, ответы на которые и будут первоначальной настройкой клиента. Чтобы ответить "да" или "нет", нужно ввести соответственно буквы "Y" и "N" и нажать Enter. Параметр по умолчанию выбирается простым нажатием Enter.
3. Первый вопрос - "Your Name?". Понятно, что следует писать (для совсем не знающих английского - ваше условное имя - ник в проекте). Проверить свободен ли ник или нет можно на этой странице (поиск в строке Нow do I choose a username? To check if a name is already being used, use this search tool).
4. "Team Number?" - НАПИСАТЬ 47191. Это очень важно, иначе вы не будете с нами :D
5. "Launch automatically at startup, installing this as a service?": Автоматически запускаться при старте, устанавливая клиент как сервис? Это очень полезная и важная функция, но она, единственная из всех, требует прав администратора на машине. В общем случае для администратора машины ответ "yes" будет оптимальным решением. Если же вы не хотите использовать штатную систему запуска клиента как сервис, а, например, намереваетесь пускать его через nnCron или UDMonitor, ответьте "no". Для SMP и GPU выбирать NO!
6. "Ask before fetching/sending work?": Спрашивать перед отправкой, закачкой заданий? – Лучше всего отвечать "no".
7. "Use Internet Explorer settings?": Использовать настройки IE?
Не ленитесь и выбирайте "no" – это позволит избежать проблем в дальнейшем.

Non-IE settings:
8. "Proxy Name". Имя прокси - IP-адрес прокси-сервера, например, 192.168.0.5.
9. "Proxy Port". Порт прокси-сервера.
10. "Use username & password with proxy". - Использовать имя пользователя и пароль для прокси. Для прокси, требующего аутентификации, следует выбрать "yes".
11. "Proxy Username". Имя пользователя прокси-сервера.
12. "Proxy Password". Пароль для прокси-сервера.
13. "Allow receipt of work assignments and return of work result greater than 5MB in size (such work units may have large memory demands)". Разрешить прием и отправку заданий больше 5 Mб? Если у вас нет проблем с трафиком или относительно слабая машина, спокойно ставьте "yes"! Создатели поощряют обсчет таких заданий большим количеством очков, даваемых за один юнит. Правда, кроме большого траффика, есть и другой "побочный эффект" - требовательность к объёму оперативной памяти (задания занимают не более 120 - 150 Мб памяти).
14. "Change advanced options?" Изменить дополнительные настройки? Не нужно ничего сверхестественного от клиента? Тогда прямо сейчас завершите настройку клиента, ответив "no". Но я бы посоветовал ответить именно "yes", принять большинство настроек по умолчанию, но настроить некоторые другие.

Advanced options:
15. "Core priority (idle/low)". Приоритет ядра расчетов. Разницы практически нет, если вы не используете второго клиента другого проекта РВ параллельно, ;) то оставьте "idle" (по умолчанию).
16. "CPU usage requested (5-100)". Разрешаемое использование ресурсов процессора. Приоритет у программы и так низкий, если что-то загружено, то нужных ресурсов она не отнимет. Лучше оставьте 100 процентов (по умолчанию).
Когда можно использовать этот параметр? Например, если хотите снизить нагрев, шум от вентиляторов, энергопотребление процессора или запускаете другой клиент РВ параллельно, а он не умеет распределять ресурсы с F@H и простаивает.
17. "Disable highly optimized assembly code". Запретить высокооптимизированный код ассемблера. В силу того, что оптимизированный код намного быстрее обычного, лучше его не отключать, ответив "no". Если будут ошибки и зависания, то для диагностики можно поставить "yes", хотя вряд ли это правильный метод разрешения проблем.
18. "Pause if battery power is being used (useful for laptops)". Приостанавливать вычисления, если используется энергия батареи (полезно для ноутбуков) - Клиент остановит расчет, если компьютер будет использовать энергию батарей (в UPS, ноутбуках). В этих случаях ставьте "yes", иначе "no" (по умолчанию).
19. "Interval, in minutes, beetween checkpoints (3-30)”: Интервал в минутах между контрольными точками (3 - 30) - Промежуток времени между контрольными точками, когда клиент сохраняет текущие вычисления. Или оставляем значение по умолчанию (15 мин.) или ставим больше. Чем больше значение, тем меньше вероятность целиком потерять задание при сбое системы.
20. "Memory, in MB, to indicate (xxx available) [xxx]” Размер памяти в мегабайтах, который можно занять. Укажите размер вашей оперативной памяти в мегабайтах, например, 512. Если же вы хотите принимать не такие большие задания или, уже впоследствии, вы обнаружили, что систему донимает подкачка, попробуйте поставить меньше. Рекомендуется указать максимально приемлемое значение (> 300 Мб), меньше 60 Мб ставить нет смысла: таких заданий нет.
21. "Request work units without deadlines (no/yes) [no]". Запрашивать задания без дедлайна. Что такое дедлайн? Это крайний срок завершения задания, время от скачивания задания до момента, когда результат расчета этого задания станет неактуален. Если не успеть его посчитать до истечения дедлайна, задание просто удаляется и запрашивается новое, очков за старое вы не получите.
Заданий без дедлайна сейчас нет, поэтому "no" в обязательном порядке.
22. "Set -advmethods flag always, requesting new advanced scientific cores and/or work units if available". Всегда включать флаг -advmethods для запроса новых расчетных ядер и/или заданий, если таковые доступны - Ставьте "yes" - обычно новые расчетные ядра лучше оптимизированы и в целом приносят больше очков.
23. "Ignore any deadline information (mainly useful if system clock frequently has errors)". Игнорировать информацию о дедлайнах (обычно полезно, если системные часы часто ошибаются).
24. "Maсhine ID (1-8)". Идентификатор машины (1-8). Используется в случае многопроцессорности, многоядерности (иными словами, для запуска нескольких копий клиента на одной машине). В этом случае придется запускать соответствующее число клиентов с разным Machine ID. То же самое относится и к технологии Hyper-Threading. Для того, чтобы сервер мог потом понять, от какого конкретно клиента поступает запрос на получение/отправку задания/результата, сервер использует значение Machine ID.

8)Все можно сделать быстрее!
Обратите внимание, что после установки клиента в вашей папке появился файл client.cfg
Открыв его, можно увидеть примерно следующее:
[settings]
username=Bar3!kk
team=47191
asknet=no
bigpackets=yes
machineid=1

[http]
active=yes
host=192.168.0.2
port=6588
usereg=no
usepasswd=no

[core]
checkpoint=15


Если внимательно посмотреть, каждая строчка отвечает за свой параметр. Все интуитивно понятно. Осталось только вручную создать файл и скопировать отредактированные значения. Файл client.cfg редактировать с помощью FAR, FahSpy или Блокнотом (квадратики не убирать!).
Либо, если не хотите через системный файл, попробуйте запустить клиент с параметром -configonly. Параметры вводятся в строке запуска программы через пробел после имени исполняемого файла (например, при запуске клиента через “Пуск>Выполнить...”).

10)Как на одном компьютере одновременно запустить несколько копий клиента? Как считать на многоядерном компьютере, компьютере с HT?
Запуск двух копий программы на одном многоядероном компьютере возможен только при использовании консольного клиента или сочетании одного графического и нескольких консольных, с уникальным значением параметра Machine ID для каждой из запущеных копий программы!
"Создайте два (три, сколько надо) каталога с консольной версией (FAH*Console.exe). Запустите каждую из них с ключом -config. В разделе “Advanced Settings” для каждой задайте различные значения Machine ID, например, 1 для первого, 2 для второго. Если вы установили клиенты сервисом, то они запускаются автоматически, в противном случае для запуска каждой консоли создайте ярлык или .bat-файл следующего содержания:
<путь к файлу>\FAH*Console.exe -local
"

11)Запуск консольного клиента F@H под FreeBSD
Для того, чтобы запустить клиента F@H на машине под управлением FreeBSD следует проделать следующии операции:
Установить emulators/Linux_base с FreeBSD CD или FTP, если еще не установлено.
Отредактировать /compat/Linux/etc/yp.conf и внести туда верный сервер.
Скачать консольную версию клиента F@H для Linux и перейти в ту директорию, куда вы ее скачали.
% brandelf -t Linux FAH*Console (где FAH*Console - название консольного клиента, которого Вы скачали)
Если версия клиента 3.24 и выше, то для последующей работы необходимо лишь запустить клиента с флагом "-freeBSD" вот так:
% ./FAH*Console -freeBSD
И клиент будет автоматически помечать скачанные ядра обсчета для запуска в режиме совместимости с Linux.
Если у Вас версия клиента ниже, чем 3.24, то в ней не поддерживается флаг "-freeBSD" и необходимо проделать следующие операции для работы клиента:
После запуска клиента дождитесь, пока он закачивает ядро обсчета, сразу после закачки ядра завершите работу клиента(Ctrl+c).
% brandelf -t Linux FahCore_xx.exe (где FahCore_xx.exe - имя закаченного ядра обсчета)
Снова запустите клиент. Внимание: подобные операции необходимо будет проводить с каждым закачанным ядром обсчета.

12)Графический клиент - настройка под Windows
1-Запустите скачанный файл;
2-Зайдите в настройки и введите в поле “Team Number” число 47191 :
Нажмите правой кнопкой на иконку клиента в трее (рядом с часами), выберите “Configure...”. Откроется окно с тремя закладками.
Первая закладка - свое имя и номер команды, в которой ты хочешь участвовать.
Вторая закладка - “Connection”. Что бы клиент “автоматом” отсылал результаты нужно убрать галочку с “Ask before using network”. Если нужно использовать прокси — поставьте соответствующую галочку.
Третья закладка — настройки графики : здесь настраивается, сколько ресурсов отдавать под визуализацию данных в клиенте.
Настройки “ядра” - аналогичны в консоли.

Запуск клиента

13)Запускать? Что дальше делать?
Если все правильно настроено, клиент сам закачает задание и счетное ядро (размером примерно 800-1500 kb). Вам будет доложено примерно это:
...
[] Extra SSE boost OK.
[] Writing local files
[] Completed 0 out of 3000000 steps  (0)
...

Число steps - число частей, на которое поделено задание, выданное вам сервером. Примерно через 10-20 минут, в зависимости от указанного вами значения interval при установке, будет обновляться информация о ходе работы. Будет выглядеть сухо, но информативно:
...
[] Completed 60000 out of 3000000 steps  (2)
[] Writing local files
[] Completed 90000 out of 3000000 steps  (3)
[] Writing local files
[] Completed 120000 out of 3000000 steps  (4)
[] Writing local files
...

На этом можете закрыть консоль (Control+C), и перезапустить машину, чтобы сервис F@H сам стартовал. Теперь туда лучше не заходить, и проверять файлы FAHlog.txt и unitinfo.txt соответственно, оба находящихся в папке с Folding@Home. В первом продублирован весь лог консоли, оттуда, при желании, можно скопировать для конференции, как выглядят ваши ошибки.
Во втором же, unitinfo, содержится текущая информация о задании, расчитываемом вашим компьютером в данное время. Как это смотрится:
Current Work Unit
-----------------
Name: p2064_abeta_4mer_agbnp
Download time: December 10 19:06:13
Due time: January 13 19:06:13
Progress: 17%  [|_________]

..где Due time - дедлайн, т.е. дата, до которой необходимо посчитать задание.

14)Как отправить результаты ?
Результаты клиент отсылает сам, сразу по завершению обработки. Если на этот момент подключения к Интернету нет, проще всего закрыть клиента, подключиться, и запустить его заново. Либо выйти из клиента и запустить его с ключом –send all.

15)Какие есть ключи командной строки?
Полный список можно посмотреть, запустив клиента с ключом -help. Здесь перечислены лишь некоторые из них. Кличи прописывать с строчку запуска клиента.
Ключ -send all заставляет клиента выполнить отправку всех находящихся в буфере результатов.
Ключ -advmethods (эквивалентно настройке type=3 в файле client.cfg, но имеет больший приоритет перед установкой типа в файле) заставляет клиента запрашивать с сервера юниты для новых расчётных ядер - гипотетически, тех, в стабильной и беспроблемной работе которых у авторов проекта полной уверенности пока нет. На практике же проблемы с новыми ядрами исключительно редки, а выдаваемые при использовании этого ключа юниты могут иногда приносить больше очков, чем "обычные". Чего не скажешь о более высоких типах 4, 5, 6, где бывает по-разному. Лучше всего следить за текущей информацией в нашем форуме!
Очень полезен ключ -verbosity 9: он заставляет клиента выводить более подробные сообщения, в частности во время загрузки юнитов и отправки результатов.
Ключ -oneunit - посчитать одно задание, отправить его и заверщить работу клиента.

Проблемы - не все гладко...

16)Почему в 16 часов дня (пример), когда я устанавливал клиент, в консоли писалось, что сейчас на 3 (5,6) часов меньше?
FAH использует время по UTС (Всемирное, Лондонское). Если же ваши системные часы установлены, к примеру на UTС+5, 8-3 есть разница вашего времени и всемирного.

17)Как мне посмотреть прогресс выполнения задания?
Как я уже говорил, файл unitinfo.txt.
Либо его можно загнать в браузер не периодическое обновление, либо вообще посадить на Active Desktop. Правда, он разрешает размещать на рабочем столе только HTML-страницы и рисунки, но что мешает вручную прописать, что нам нужен именно unitinfo.txt, и что он находится в ЭТОЙ папке?

Советуем также программу FAHSpy , см. п. 28.

Работа в сети
18)Как мне подключить еще несколько компьютеров к расчетам, все они в моей ЛВС ?
Устанавливаете клиенты на каждую машину, причем установку "Machine ID" можно не трогать, сервер приема-отправки заданий поймет, что у вас несколько CPU.
Придется также столкнуться с работой через прокси, не забудьте указать его параметры при настройке. Внимательнее следите за портами, авторизацией (если она нужна)!

19)До этого считал другой проект РВ, там прокси не нужен был/ни разу его не использовал.
Сначала я думал, что для нормальной работы через сеть клиенту нужен какой-то особенный, навороченный прокси-сервер. Скачал даже UserGate 3.0 с запредельным для 28k весом в 2 MB. =)
Но когда и через него у меня ничего не заработало, понял, что что-то в голове. =)
Итог таков: если вам нужны дополнительные функции, типа подсчета траффика у всех пользователей сети, тарифные планы, etc. - вы можете использовать мощные прокси-сервера. Только не забудьте в них разобраться, и грамотно настроить.
Если же ничего подобного не нужно, лишь бы FAH работал, да изредка смотрелись странички со всех компьютеров, скачайте самый простой прокси, например AnalogX Proxy Вес файла всего 270 KB! Настроек практически нет, нужно лишь запомнить номер HTTP-порта, он там довольно оригинальный : 6588.
Программа бесплатна, поддержку HTTP, FTP, NNTP, SMTP, POP3, Socks можно включить/отключить всего лишь одной галочкой. Да и в оперативке она занимает всего 3 мегабайта.

Работа в offline/использование кэша

22)Тип заданий:
type=
0 - предположительно, любые задания. Возможно, этот тип просто игнорируется.
1 - "проверенные" задания.
2 - без дедлайнов (исторически). Сейчас выдаются задания на ядре Amber с дедлайном. Данный тип лучше не использовать!
3 - -advmethods - рекомендуемая настройка для тех, кто не собирается больше лазить в клиента.
Далее идут настройки для тех, кто уверен в том, что делает. Официально их не существует.
4 - -betateam, задания для бета-тестеров. Последнее время (06.2009) мало отличаются от типа 3, но чаще бывают сбойные задания.


Спорт

23)Как начисляются очки?
Для "обычного" клиента:
Очки = 110*дней на выполнение WU процем "2.8GHz Pentium 4 с отключенным SSE2". Эталонный компьютер использует Линукс, то есть все WUs тестируются ядром Линукса.
Для GPU клиента видеокарт серии HD2xxx-HD4xxx:
Очки=1000*дней на выполнение WU на видеокарте ATI 3850
Для SMP клиента:
Очки=1760*дней на выполнение WU на компьютере Mac Pro (2*2.33GHz Dual Core Xeon 5140, L2=4 MB, 5 GB FBDIMM 667 MHz DDR2, 1.33GHz Bus)
Для PS3 клиента:
Очки=900*дней на выполнение WU приставкой PS3 (Cell 90nm?)

24)Где можно посмотреть статистику команды в данном проекте?
Имеются следующие статистики нашей команды :

- список участников нашей команды (официальная статистика проекта, обновляется каждые 3 часа);
- список участников нашей команды (статистика сервера kakaostats.com, более богатая возможностями);
- прогноз для нашей команды (статистика сервера folding.extremeoverclocking.com, некоторым кажется более симпатичной).

По ссылкам с этих страничек можно попасть на странички отдельных участников команды, с прогнозом их продвижения и т. п.
За достигнутые успехи в деле счёта выдаются сертификаты (по количеству заданий и по количеству очков), которые можно увидеть, перейдя по ссылке из профиля команды или пользователя.

25) Как добиться наилучших результатов в спортивном плане?
Существует несколько простых советов, применимых для любых проектов распределённых вычислений, и кое-какие специфические для F@H способы.
Во-первых, обеспечьте возможно более продолжительную работу машины, на которой "крутится" клиент. Например, машина дома может работать, пока вы на работе, а рабочая - работать и в ваше отсутствие, если к тому нет препятствий.
Во-вторых, скорость процессора - критичный элемент для любого клиента РВ. Разгон процессора, порой даже в ущерб оптимальной скорости других подсистем (например, памяти) может дать вам от нескольких дополнительных процентов до нескольких десятков процентов очков.
В-третьих, апгрейд на более совершенный процессор может помочь вам радикально улучшить результат. Например, современные Core 2 Duo даже на обычном клиенте способны выдавать до 1000 очков в сутки на каждое ядро... Чаще, конечно, куда меньше. На 2-х ядерные процессоры также ставится клиент с поддержкой многопроцессорности (SMP), который даёт много больше очков.
Тогда как старые процессоры класса Athlon XP/64 или же P4 (одноядерные) могут выдать максимум чуть более 300 очков в сутки, даже при грамотной настройке и фильтрации серверов. Всё упирается, конечно, в финансовые возможности.
В-четвёртых, меньше загружайте процессор другими задачами. Разумеется, речь не идёт о том, чтобы важные приложения уступили дорогу F@H. Но, к примеру, стоит последить за теми играми, которые вы запускаете: потребляют ли они 100% процессорного времени (большинство старых DOS-игр и многие современные, даже, казалось бы, нересурсоёмкие), как они ведут себя в свёрнутом виде (некоторые потребляют 0%, другие же некультурно продолжают пожирать системные ресурсы), не запущены ли у вас ненужные скринсейверы, потребляющие порой до 20 - 30% системных ресурсов и более (плюс потери на переключение задач), не оставляете ли вы запущенным браузер с многочисленными окнами, где может идти флеш-анимация, и так далее, и тому подобное. Обревизуйте, как вы используете свою машину.

Остальные вопросы

26)Как мне наблюдать за моими нодами?
Воспользуйтесь программой FahMon (Win, Linux, OS X).
http://fahmon.net/download.html
Советуем также программу FahSpy, см. п. 28.

27)Описание заданий для Folding@Home
название____ядро__очки___оптимизации
AMBER_______82__165-200__----------
GROMACS____78__46-622___SSE/3Dnow!
GROMACS33__a0__330-1741_SSE/3Dnow!
DGКOMACS__79__95-338___SSE2 (скорее всего и SSE/3Dnow!)
GBGROMACS_7а__136-241__SSE/3Dnow!
DGКOMACSB_7b__......-310__SSE2 (скорее всего и SSE/3Dnow!)
DGКOMACSB_7c__401-450__SSE2 (скорее всего и SSE/3Dnow!)
GROSIMT____81__10-343____
GROST______80__132-330___
TINKER______65__238-249___---------- (задания не выдаются)
QMD________96__450_______SSE2, SSE3 (задания не выдаются)

GRO-GPU____10__330_______SSE (задания не выдаются)
GRO-GPU2___11__98-480____SSE2
GRO-PS3_____??__20-1250___---------
GRO-SMP____a1__1167-3340_SSE
GROCVS_____a2__1920_____SSE (модификация SMP)

Ядро Amber
Ядро Amber - молекулярная программа динамики, первоначально развитая группой Питера Коллмана в Университете Калифорнии, Сан-Франциско. Его главное использование - вычисления области(поля) силы. Проект теперь координируется Дэвидом А. Кэйс в Scripps Research Institute. Ядро Amber не использует SSE, чтобы обеспечить увеличение в скорости вычисления, но возможно будет использовать SSE2 в будущем.

Ядро GROMACS
Gromacs - научное ядро, которое используется для большинства F@H вычислений. Оно разработано Университетом Groningen под GPL и написано на Fortran77-based GROMOS в C. Gromacs использует преимущество SIMD, включая команды SSE и ALTIVEC в процессорах, поддерживающих их, чтобы обеспечить почти 3x кратное увеличение в скорости вычисления. Все относительно новые процессоры типа Pentium 3, Pentium 4, Athlon XP, Sempron и Athlon 64, имеют поддержку SSE (также как их мобильные аналоги). Mac4 имеет поддержку AltiVec.

Ядро GROMACS33 – более поздняя версия Gromacs, позволяющая запускать большее количество моделей.

Ядро DGROMACS
DoubleGromacs ядро - очень похожее на Gromacs ядро, исполняет вычисления повышенной точности. DoubleGromacs использует преимущество команд SSE2 в процессорах, оборудованных ими, чтобы обеспечить примерно 2x кратное увеличение в скорости вычисления. Новые процессоры типа Pentium 4 и Athlon 64 имеют SSE2 способность.

Ядро GBGROMACS
GBGROMACS ядро - очень похожее с Gromacs ядро. Pande Group добавила "implicit solvent " модель в код GBGROMACS, и это должно сделать возможным уменьшить использование Tinker в будущем.

Ядро DGROMACSB
DoubleGromacsB ядро - очень похожее на DoubleGromacs. Выпущено в августе 2007 г.

Ядро GROSIMT
GROSIMT – версия Gromacs ядра для моделирования изменения температуры процесса. Выпущено в мае 2007 г.

Ядро GROST
GROST - версия Gromacs ядра для моделирования с учетом температуры.

Ядро GRO-GPU
GRO-GPU – ядро для расчета на видеокартах ATI x1xxx. Не является портированным аналогом Gromacs ядра, но предназначено для решения сходных задач.

Ядро GRO-GPU2
GRO-GPU2 – ядро для расчета на видеокартах ATI HD2xxx-4xxx и nVidia GF8xxx-GX280. Не является портированным аналогом Gromacs ядра, но предназначено для решения сходных задач.

Ядро GRO-SMP
GRO-SMP – ядро для расчета на многопроцессорных (многоядерных системах)

Ядро GROCVS
GROCVS – ядро для расчета на многопроцессорных (многоядерных системах). Изначально предназначалось для 4-х ядерных систем. На настоящее время (август 2008 г.) существует только в версии для Linux и OS X. Задания на этом ядре получаются при установке type=3 в client.cfg.

Ядро Tinker - сегодня не используется.
Это ядро было первым ядром для F@H вычислений. Оно не использует никакие специальные инструкции расширения современных процессоров (типа SSE или 3dNow +). Задания, которые используют ядро Tinker обычно хорошо(быстро) выполняются на AMD процессорах.

Ядро QMD - сегодня не используется
QMD использует квантовый химический метод для вычислений и использует много памяти (иногда даже более чем 512 Mb оперативной памяти).
Обратите внимание: из-за проблем лицензирования (FAH & QMD & AMD64 & SSE2) QMD задания в настоящее время не поддерживают процессоры AMD (поддерживают, но неофициально).


28)Что может быть мне еще полезно для работы с клиентом, ссылки/описания?
Сжатые архиватором консоли и ядра для F@H
FahSpy 2.0.0 от Angel999.
FAH Monitor & Farm 2.6.0.10 в RAR-архиве или в 7z-архиве от EarlVadim. Архивы включают сервис, обеспечивающий управление удалёнными нодами. С версии 2.5.1.1 поддерживается бэкап заданий на случай сбойного завершения, обеспечивающий предотвращение утраты посчитанных заданий.
На официальном сайте программы всегда доступна свежая версия программы.
QFIX - программа для восстановления "битых" результатов расчётов. Иногда помогает, если задание не может быть отправлено.
FAH SMP Affinity Changer- распределения потоков WinSMP по ядрам/процессорам.

29)На каких платформах, кроме PC, возможна работа клиента?
Возможно использование консоли PS3 для нужд проекта Folding@Home. Для более детальной информации загляните в PS3 FAQ.

"Используя процессор Cell, который содержится в PS3, мы сможем вычислять Foldіng@Home больше, или намного больше, чем это возможно на персональном компьютере."
На практике большая часть вычислений уже совершается на этих устройствах, но они менее универсальны, чем обычные процессоры, поэтому обойтись только одними PS3 не получится.

Ещё более узкими возможностями обладает клиент для GPU, поддерживающий видеокарты ATI HD2***-4*** и nVidia 8-280GTX серии.
На современных видеокартах ATI 3850/3870 и 8800 использование клиента GPU2 даёт хороший прирост производительности. Cкорость расчета на 3850 приблизительно соответствует скорости работы SMP клиента на Core2Duo@3300 MHz, а скорость расчета на 8800GT превосходит скорость SMP клиента на Q6600@3500 в два раза!

30)F@H on Mac OS X
1. Какие версии клиента существуют?
Консольная, графическая, хранитель экрана под процессоры PowerPC G3-G5, а также версия с поддержкой SMP под новые Intel-based Mac.
2. Особенности:
Отсутствует возможность изменения загрузки процессора (решается использование дополнительных программ, н-р: FAHLimit.
3. Какие ядра используются для расчетов?
Gromacs, DGromacs и другие
4. Как запустить fah в скрытом режиме? (OS X 10.3-10.4)
1) Запустить терминал
2) sudo -s
3) nano /etc/crontab
4) После # строчкой ниже дописать
@reboot Cruncher /Users/Cruncher/FAH/fah5 &
где Cruncher - это имя пользователя под которым запускать, /..../... - путь
5) Сохранение и выход: Ctrl+X, после Y.
6) Выходим из консоли, перезапускаемся, запускаем Монитор активности и вуаля: запущен fah и ядро расчета.
6. Средняя скорость расчетов для PPC компьютеров (PPD/GHz)
• G3: 30-38 (GR), 35 (Tinker), 40-60 (DG)
• G4: 40-48 (GR), 31 (Tinker), 66-83 (DG)
• G5: 45-50 (GR), 57 (Tinker), 75-100 (DG)
• Максимальная скорость расчета: 120 PPD/GHz на G5, задание 2411 (или 120*2,5GHz=300PPD)

31)ЧТО ДЕЛАТЬ НЕЛЬЗЯ:
1. Нештатно выключать компьютер (настойчиво тыкая в кнопку на системнике). Из консоли выходить только по Control+C!
2. Убивать процесс в Диспетчере задач (Мониторе системы в OS X и т.п.)
3. Выключать клиента нажатием на "Закрытие окна" ("крестик")
4. Делать папку с клиентом скрытой!
Все эти действия приведут к ошибке в расчетах и началом расчета задания с нуля!

32)Зачем нужен passkey и где его получить?
Passkey является уникальной комбинаций цифр, однозначно идентифицирующей Ваш результат в проекте. Кроме того, замечено, что при заполненом поле passkey незачисление очков происходит намного реже. В будующем доктора обещают дополнительные бонусы для использующих passkey. ;-)
Получить можно на этой странице (высылается на e-mail).
Passkey FAQ (на английском).

33)Есть ли статистика заданий в F@H? С кем мне сравнить свой компьютер по скорости?
http://forums.overcl...ic.php?t=124748

34) Не могу скачать или отправить задание. Что делать?
1. Попробовать перейти в браузере на страницу http://assign.stanford.edu:8080 . Если надпись OK не появилась, то либо проблемы с серверами докторов, либо с Вашим интернетом.
2. Проверить файл client.cfg, если в нём прописано:
[http]
...
usereg=yes
то исправте на usereg=no с помощью FahSpy, FAR или Блокнотом (квадратики не удалять!). См. п. 7.

35) Где в форуме почитать подробнее про WinSMP, GPU2 и прочее?
[TSC!] Folding@Home: обсуждение
[TSC!] Обсуждение WinSMP клиента F@H (теперь beta!)
Folding@Home под Linux
[TSC!] Folding@Home силами видеокарт ATI/AMD
[TSC!] Folding@Home силами nVidia GPU
Folding@home на консоли PS3
[TSC!] FaH @ MacOS. Как подружить?
[TSC!] FAH-SMP для Linux в VMWare

36) Чем занимается команда TSC! Russia в свабодное от расчетов время?
Отдыхает. :)

37) Начал участвовать в РВ, но компьютер стал шуметь как пылесос. Что делать? Собираюсь прекратить участие... (вариант: ...., компьютер стал перезагружаться, виснуть)
Спокойно, без паники! :D
1. Чем не повод купить новый тихий ветилятор (или БП, или материнку)?
2. В проектах РВ можно регулировать загрузку процессора. Так для проекта f@h можно выставить значение в файле client.cfg: Код:
[core] 
cpuusage=60
т.е. загрузка процессора будет 60%, то шум не увеличится, а польза будет.

38) Что за жабы? Кто такие кранчеры?
Жаба (сущ., от англ. job) - задание для расчета, синоним термина WU
WU (сокр. от англ. Work Unit) - расчетное задание
Кранчер (сущ., от англ. crunch - хрустеть) - участник компьютерных распределенных вычислений;
Распределённый вычисления (РВ) - способ организации компьютерных вычислений, когда задание(ия) рассчитываются на множестве компьютеров;
Камрад (сущ., устар.) - товарищ, друг, сослуживец (обычно по отношению к иностранцу).

0

Поделиться темой:


Страница 1 из 1
  • Вы не можете создать новую тему
  • Тема закрыта

1 человек читают эту тему
0 members, 1 guests, 0 anonymous users




Яндекс.Метрика