Как известно, файлы с расширением mkv - это специальный мультимедийный контейнер Matroska для  хранения видео, звуковых дорог и субтитров. Она же Матрёшка. Ниже будет описано как правильно работать  со звуковыми дорожками.

Часто бывает ситуация, когда в контейнере  несколько звуковых дорог и субтитров, причем некоторые из них бывают не нужны. Например дороги с незнакомым языком или несколько русских. Или ещё вариант, когда звуковая дорога имеет формат dts, который не всегда воспроизводится "железными" плеерами. Его можно перекодировать в ас3.

Опишу наиболее оптимальные, по моему мнению, действия для выполнения этих задач.
Понадобятся всего две программы.
Первая - Mkvtoolnix для работы с контейнерами mkv.
Вторая - Xilisoft Video Converter Ultimate. Помимо кодирования dts в ас3 имеет много других полезных возможностей.

Поехали.

Для примера возьмём некогда популярный фильм "Святые из трущоб".
Запускаем mkvmerge GUI из комплекта Mkvtoolnix
Выбираем фильм и получаем примерно такую картину:

В контейнере, помимо самого видео и субтитров, лежат ещё четыре дороги. Английская, две русских и дорога за авторством Гоблина. Вот она как раз и нужна. Снимаем галки с ненужных элементов, выбираем конечный путь и название пересобранного контейнера и нажимаем Start muxing.

После завершения миксирования новый контейнер выглядит так. Видео и одна звуковая дорожка.

Теперь её можно перекодировать в ас3.
Запускаем Xilisoft Video Converter Ultimate. Добавляем файл, во вкладке Profiles выбираем ас3 и путь для сохранения. Также в правой части программы можно изменить настройки для кодируемой дорожки.
Жмём красную кнопку вверху и ждём.

Получилась отдельная дорожка ас3. Теперь ею нужно заменить дорожку с расширением dts. Для этого снова открываем mkvmerge GUI, выбираем файл mkv с одной дорожкой dts и кнопкой add добавляем дорожку ас3, при этом с дорожки dts соответственно галочку снимаем.

Далее выбираем исходный путь, жмём Start muxing и ждём пока дорожка добавиться в контейнер.

Вы спросите зачем все это нужно было?
Исходный файл со всеми дорожками весил 6.56 ГБ, конечный 3.78 ГБ. Помимо того, что он занимает меньше места, его можно относительно быстрее скопировать на флешку и смотреть с устройства, не поддерживающего звук в формате dts (например телевизоры SAMSUNG шестой серии 2009 года, которым даже новая прошивка не помогла научится читать dts).

UPDATE:

Не рекомендуется использовать mkvmerge версии выше чем 4.0.0. Особенно это касается обладателей телевизоров Samsung 2009 года выпуска. (2009 год - это буква "В" в названии модели. Например LE37B*****) Большинство пересобранных контейнеров отказываются запускаться на встроенном плеере вышеописанных телевизоров.

UPDATE2:

А как вытащить отдельно субтитры или звуковую дорожку? Всё просто. Для этого понадобится программа MKVExtractGUI. Её необходимо положить в папку с Mkvtoolnix. 

Здесь всё интуитивно понятно: выбираете файл, выходную папку и галочками помечаете необходимые для извлечения из контейнера файлы.                                                                                                                                                                                                                       

 XSS.2013

Вопросы по данному материалу можно задавать тут.

вытащить звук из mkv, вырезать звук из mkv, перекодировать dts в ac3, вырезать субтитры из mkv